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海外赴任者の年末調整はどうする?経営者・総務担当者の不安を解消する手続き・実務ポイントと失敗回避策

2025.09.24 スタッフブログ

「海外赴任中の社員の年末調整、どう管理する?」「海外赴任者の給与計算や手続き、国内社員と何が違う?」「税法改正や就業規則・顧問社労士との連携はどうすれば?」
従業員100人規模の企業では、海外赴任者の増加によってこのような疑問や不安を抱える経営者・総務担当者が多くいます。

海外赴任者の年末調整業務は、国内勤務者に比べて複雑で、課税区分の判断・手続き・就業規則・助成金・DX活用・アウトソースなどさまざまなポイントが絡みます。ここでは全国対応のHR BrEdge(エイチアールブレッジ)社会保険労務士法人が、実務でありがちなミスと失敗例、最新の法制度・手順、効率化のための具体的対策やアウトソース活用のコツまでを詳しく解説します。

海外赴任者の年末調整のしくみと基礎知識|制度・手続き・現場の誤解をわかりやすく

1. 海外赴任者の年末調整とは

日本企業の社員が一年の途中で海外に赴任した場合、年末調整の扱いは「居住者」か「非居住者」か、「国内給与の有無」「支給形態」により大きく変わります。正確な課税区分把握と、就業規則・労務顧問との連携が不可欠です。

  • 居住者:1年を通じて原則日本に住所または居所あり。日本国内給与+海外給与すべてが日本の課税・年末調整対象。
  • 非居住者:基本的に日本に住所・居所なし。日本国内源泉の給与部分のみが課税・年末調整の対象。(海外分は原則課税対象外)

「海外赴任イコールすぐ非居住者」ではなく、「赴任開始時期」「出国後の滞在日数」「扶養状況」「国内給与支給の有無」など詳細な確認が必須です。

2. よくある誤解・判断ミスの例

  • 赴任翌年から「非居住者」と思い込み国内給与すべてを年調外とした(実際は赴任から1年未満で「居住者」区分だった例)
  • 海外赴任中の手当・給与の一部が国内銀行口座に支給されていたが、正しく年末調整に取り込まれず課税漏れ発生
  • 本人からの申告書回収漏れ、国外転出届・住民税手続き未対応などによるトラブル

3. 年末調整実務における会社の役割と、就業規則・顧問連携のポイント

  • 赴任開始・帰任・期間延長・現地採用転換等、発生する都度「課税区分判定」「給与体系・支給形態」の正確な整理が必要
  • 就業規則の赴任条項・支給基準と、税・社保・手続きとの整合を取り、設計ミス・説明漏れを防ぐ
  • 人的対応に限界がある場合は、顧問社労士・税理士・アウトソース先と日頃から連絡網・手続きDX基盤を明文化しておくこと

【経営者の視点】

  • 「二重課税」「賃金支給ミス」等が起きれば大きな企業リスク。リモート管理・DXの充実・柔軟なアウトソース体制整備が重要です。

【総務担当者の視点】

  • 赴任者ごとの状況管理、各種申請書・証明書の回収・データ化の手間を最小限に抑える「一元化したDXフロー」が有効です。

海外赴任者の年末調整を正確に行うためのアクション&改善策|実践ポイント・失敗例・成功事例も紹介

1. 赴任者リスト・スケジュール作成と管理をDX化

  • Googleフォームやチャットツールを活用し、連絡・申請書類提出・各種証明書の提出状況を自動化・見える化
  • 赴任開始・帰任時期・支給形態・居住区分・申告書提出状況を一元管理するテンプレートを整備

2. 課税区分判定と給与体系の定型化

  • 「居住者/非居住者」判定フローや給与支給基準を運用マニュアル・就業規則に明記し、制度変更・助成金要件の確認も合わせて実施
  • 判断に迷った場合は社労士・税理士顧問への即相談体制を整備

3. 年末調整書類の回収管理・海外対応の工夫

  • 現地との時差や郵送リスクを考慮し、電子申請・署名可のフォーマットを積極活用
  • 回収漏れ・記入不備が発生しやすいので「チャット+書類自動チェックリスト等、DXツール」でタスク漏れを防止

【失敗例/成功例】

  • 失敗例:国内と同じ回収フロー運用で、出国者の源泉控除申告書未回収や課税区分誤り→追徴税リスク
  • 失敗例:手続きの属人化で、総務担当交代のたびに現場混乱・タスク漏れ
  • 成功例:Googleフォーム等のDX化によりリアルタイムで赴任者管理、社労士・税理士顧問アウトソースでイレギュラー事例も即時対応

【経営者のアクション例】

  • リスク回避のため「顧問+アウトソース」「就業規則・給与規程・支給形態の定期レビュー」をセットで推進

【総務担当者のアクション例】

  • 申請スケジュール・書類回収状況を可視化、関係者への早期共有と自動リマインドによる回収強化
  • 年末調整アウトソース・DX導入でミス0運用を実現

Q&A:海外赴任の年末調整でよくある疑問を徹底解説

Q1:赴任中も年末調整は会社が対応すべき?

総務担当者:基本的には会社が年末調整を行いますが、「非居住者」で国内給与が途絶えた場合は不要になることも。区分判断・支給有無に注意を。

経営者:各種手続きミスや課税漏れトラブルなどの企業リスク回避のため、プロ(社労士・税理士)関与を強く推奨します。

Q2:赴任開始・帰任と年末調整はどう連動する?

総務担当者:1月1日~12月31日の給与支給状況と、その間の国内課税区分の変動(居住→非居住など)に即して個別判断が必要です。不明時は早めに社労士・税理士へ相談を。

経営者:制度や運用手順の説明・規程改訂・社員説明会とセットでアウトソース/顧問導入をご検討ください。

Q3:電子化・DXやアウトソース導入のタイミングと注意点は?

総務担当者:赴任者数・管理難度が高まる目安(例:数人→10人超)でアウトソース移行かDX化を推奨。独自運用のまま規模拡大すると混乱や漏れリスクが急増します。

経営者:ルールが曖昧・属人的なうちにプロ(アウトソース・顧問)を巻き込んで全社のガバナンス向上を。

まとめ|海外赴任者の年末調整はDX+プロ活用で“ミスゼロ体制”を

海外赴任の年末調整は複雑で、社内だけで完全網羅するのが困難な領域です。
HR BrEdge社会保険労務士法人では「制度設計・手続き・就業規則・給与計算・アウトソース・DX活用」までワンストップでご支援。トラブル0・信頼されるグローバル人事体制のため、まずは資料請求や無料(オンライン)相談からご活用ください。

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