従業員100人前後の会社で給与計算を担当されている総務ご担当者や経営者の皆さま。「社員が欠勤した場合、どのように正しく給与を計算すれば良いのだろう」「就業規則に記載はあるけど、実際の運用は合っているのか不安」「欠勤控除ミスで従業員や管理職とトラブルになったら…」など、ご不安や悩みを感じたことはありませんか？

法律や社会保険制度の改正が続き、給与計算のミスは会社経営の大きなリスクにも繋がります。近年はペーパーレス化や業務のDX（デジタルトランスフォーメーション）が推奨されていますが、就業規則との連動や正確な手続き運用に自信を持てないという声もよく耳にします。

本記事では、全国対応のHR BrEdge（エイチアールブレッジ）社会保険労務士法人が、欠勤がある場合の給与計算の基礎、就業規則の整え方、アウトソース活用やDX推進によるミス防止策、顧問社労士のサポートや助成金との関係まで、総務・経営両方の視点から具体的に解説します。

欠勤時の給与計算と就業規則～見落としがちな仕組みと誤解を防ぐポイント

欠勤が発生した際の給与計算は、会社としてのルール（就業規則など）と法令、そして社会保険や税の制度と深く関わっています。ここでは、その前提知識や仕組み、誤解されがちなポイントについて詳しく解説します。

欠勤控除の基本的な考え方

原則として月給制の場合、「ノーワークノーペイ」＝働かなかった（欠勤した）分は給与から差し引く（賃金控除）というルールが適用されます。控除の具体的な計算方法は、通常は下記のいずれかです。

• 日割計算：
  欠勤日数 × （月給÷月の暦日数や労働日数）
• 時間割計算：
  欠勤時間 × （月給÷月間所定労働時間）

厳密には、就業規則や賃金規程に何日制・何時間制を適用するか明確に定める必要があります。

「休日」「遅刻・早退」との違い

欠勤扱いに誤解が多いのが、「有給休暇」「特別休暇」「休日出勤」などとの混同です。
有給休暇は給与控除の対象にはなりません。逆に「遅刻・早退」は、欠勤ではなくその日の一部と思われがちですが、多くの会社では就業規則で「控除の扱い（例：15分単位で時間控除）」をきちんと定めているかが問われます。

総務担当者の視点

・社員からの申請ミス、管理職の伝達不備により、欠勤情報が給与データに正確に反映されない
・旧い勤怠システムやエクセル管理では、データ反映遅れで計算ミス発生
・就業規則で控除方法が具体的でなく、後のトラブルに発展するケース

経営者の視点

・従業員の欠勤管理が甘いと、人件費が膨らんだり、不公平感から不信感が生まれる
・法律違反や不適切な控除で、労基署トラブルや未払賃金リスクを招く（一度指摘が入ると、過去2年分遡り是正指導も）
・アウトソース（外部委託）やDXツール導入のコストと、内製化リスク（属人的ミスやブラックボックス化）、どちらが経営的に有利か判断したい

図解イメージ：欠勤が発生→勤怠データ連携→給与計算→控除・社会保険料確認→明細発行

給与計算時の欠勤処理は、「勤怠情報の取得」→「就業規則と照合」→「給与計算システムで控除額計算」→「明細作成」というプロセスで進みます。そして、これら一連の流れでミスやタイムラグが発生しやすく、「見える化・自動化・専門家の監督」がますます重要になっています。

欠勤控除ミスを防ぐための具体的なアクション＆アウトソース・DX活用法

それでは実際に「欠勤に関する給与計算ミス」を防ぎ、会社全体の運用を安定させるために“今すぐ取り組める工夫”を紹介します。

1. 就業規則・賃金規程の見直し

• 欠勤・遅刻・早退控除の計算方法を具体的に条文化（割増賃金・控除基準なども明記）
• 「申請方法」や「証明書提出」など、運用に必要なルールの明確化
• 変更時は、社労士の顧問サポートや労基署届出・説明会実施で従業員との齟齬防止

2. 勤怠・給与システムのDX導入、業務フロー整理

• タイムカードや手書き出勤簿→クラウド勤怠管理ツール（例：freee、Money Forward、KING OF TIME など）への転換
• 勤怠・給与データをシームレスに連携、欠勤情報は自動計算（ペーパーレス・二重転記防止）
• Googleフォームやチャットボットで申請自動化、管理職のチェック・承認履歴もクラウド共有

3. アウトソースで専門家チェック体制構築

• 「内製化」の場合は担当者入替時や属人化・引継ミスリスクを抱えやすい。専門家（社労士）との顧問契約や部分的アウトソース（給与計算のみ・勤怠管理のみ）検討を
• 助成金申請や複雑な労務手続きも、顧問社労士がいれば要件判断＆最新情報提供で追加コスト・労力を大幅削減
• 現場の疑問やイレギュラー事例もチャットやクラウド共有で即時相談・記録化できる仕組み作りを意識

失敗例と成功事例

• 失敗例：紙の勤怠集計とエクセル手入力で、欠勤控除額の転記ミスが発生。従業員から異議申立て、信用ダウン＋是正支払のコスト発生
• 成功例：勤怠＆給与計算をアウトソース（DX対応可）し、欠勤情報はGoogleフォーム＋勤怠クラウド管理→従業員・管理職・社労士で多重チェック体制。計算トラブルゼロ、顧問による就業規則改定・新制度情報も適時反映

【総務担当者の視点】

• 転記や手集計から解放され、計算根拠のエビデンスも自動で残るため説明責任を果たしやすい
• アウトソースやDXツールの説明用、社内提案資料は顧問社労士が用意してくれるので、稟議も通しやすい

【経営者の視点】

• 労務トラブルに対する不安を最小化できる
• 内製からのアウトソース切替で、総務人件費が下がり、管理職の負担も分散
• 助成金サポートやDX化による生産性向上で「守り」と「攻め」をバランス良く実現

欠勤・給与計算の疑問と不安〜よくあるQ&A

Q1：就業規則に「欠勤控除方法」を書いていません。どうすれば？

経営者：
明記していない場合、労働基準法では法定通り「働いていない日分は控除できる」とされますが、計算基準が不明確だとトラブルの元です。早急に社労士に相談し、就業規則・賃金規程を整備しましょう。

総務担当者：
具体的な「日割」「時間割」計算根拠、対象となる手当・非対象となる手当も規定しましょう。アウトソース先社労士への依頼や参考事例提供も有効です。

Q2：手集計でも控除額を間違えないコツは？

経営者：
手集計は属人化・ミスリスクが高いため、できればクラウドやDX化を進めてください。

総務担当者：
どうしても手作業なら、必ずダブルチェック（別担当や顧問の目）を推奨。計算式や証拠書類（出勤簿・申請書）は数年間保存を。

Q3：給与計算のアウトソースやDX推進、どこから始めるべき？

経営者：
初期費用・効果試算を比較し、「給与計算のみ部分アウトソース」「勤怠管理からDX化」など段階的な導入がオススメ。助成金を活用して初期投資補助も可能です。

総務担当者：
業務棚卸しを行い、一番トラブル（ミス）が多いパートからDX・アウトソース切替を進めましょう。社労士へ相談し、現場ヒアリングを交えた提案も有効です。

まとめ：「欠勤」対応の正しい給与計算は、大きな安心と生産性アップの第一歩！

欠勤時の給与計算は、会社・従業員双方にとって最もセンシティブな運用部分です。最新の法令・手続きを踏まえた就業規則整備、DX推進、アウトソースによる専門家視点を取り入れることで「ヒューマンエラー・トラブルの防止」「生産性向上」「助成金を含めた最適運用」がはかれます。

HR BrEdge社会保険労務士法人では、「型にはまらない現場目線」「業務フロー・ツール活用サポート」を強みに、現場負担ゼロ・リスク最小化の体制づくりを支援しています。
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