「従業員の遅刻が多くて、控除の計算方法が分からない…」
「遅刻控除で労働基準監督署から指摘を受けたらどうしよう」
「適法な控除額はいくらまで？計算根拠を明確にしたい」

そんな悩みを抱える100人規模企業の経営者や総務担当者の皆様、遅刻控除の適切な処理は、労務管理における重要かつ複雑な課題の一つです。単純に「遅刻した分を差し引けば良い」というものではありません。

労働基準法第24条（賃金支払いの原則）により、賃金は全額支払いが原則とされており、遅刻控除を行う場合には厳格な要件を満たす必要があります。適切な根拠なしに控除を行うと、未払い賃金として法的責任を問われるリスクがあります。

本記事では、全国対応のHR BrEdge(ｴｲﾁｱｰﾙﾌﾞﾚｯｼﾞ)社会保険労務士法人が、遅刻控除の法的根拠から具体的な計算方法、実務上の注意点まで、企業が安全に運用するための全ての知識を実例とともに詳しく解説いたします。

遅刻控除の法的根拠と計算の基本原則

多くの企業が誤解しているのは、遅刻控除を「懲戒処分の一種」として捉えていることです。実際には、遅刻控除には「労働の対価としての賃金調整」と「懲戒的な減給処分」の2つの性質があり、それぞれ適用される法的要件が全く異なります。

■ 遅刻控除の2つの法的性質

1. 労働の対価としての調整（ノーワーク・ノーペイの原則）
労働しなかった時間分の賃金を控除することは、労働基準法上も適法です。この場合の遅刻控除額は「実際に遅刻した時間×時間単価」が上限となります。

2. 懲戒処分としての減給
遅刻という服務規律違反に対する制裁として、実際の遅刻時間を超えて控除する場合は、労働基準法第91条の制限を受けます。

■ 懲戒処分としての遅刻控除の制限

労働基準法第91条により、懲戒としての減給は以下の制限があります：

• 1回の事案につき：平均賃金の1日分の半額まで
• 1賃金支払期間（通常1ヶ月）の総額：その期間の賃金総額の10％まで

例：月給30万円の従業員の場合
– 1回の遅刻での懲戒減給上限：約5,000円（平均賃金1万円×0.5）
– 月間の懲戒減給総額上限：3万円（月給30万円×0.1）

■ 給与計算における実務上の処理方法

給与計算において遅刻控除を適切に処理するには、以下の手順を踏む必要があります：

ステップ1：時間単価の正確な算出
月給制の場合：月給÷月平均所定労働時間
年俸制の場合：年俸÷12÷月平均所定労働時間

ステップ2：控除性質の判定
実際の遅刻時間分のみ → ノーワーク・ノーペイによる調整
遅刻時間を超える控除 → 懲戒処分（法定制限の適用）

ステップ3：就業規則との整合性確認
就業規則に遅刻控除の根拠と計算方法を明記する必要があります。根拠なき控除は労働基準法違反となります。

■ 経営者と総務担当者の視点の違い

経営者の視点：
遅刻控除は従業員の規律維持の重要な手段ですが、過度な控除は労働者の生活に影響し、モチベーション低下を招きます。適法性を確保しつつ、教育的効果を狙った制度設計が求められます。

総務担当者の視点：
日常の給与計算業務において、遅刻控除の計算は慎重さが要求される作業です。計算ミスや法的根拠の不備は、労働基準監督署の指導や従業員とのトラブルに直結するため、正確な処理体制の構築が不可欠です。

■ よくある間違いとリスク

1. 一律控除の危険性
「遅刻1回につき5,000円控除」といった一律控除は、実際の遅刻時間や従業員の賃金水準によっては法定制限を超える可能性があります。

2. 就業規則の未整備
遅刻控除の根拠を就業規則に明記していない企業が多く、これは労働契約法違反のリスクを抱えています。

3. 端数処理の誤り
遅刻時間の端数処理（1分未満の取り扱い等）について、合理的なルールを定めていない場合、恣意的な処理と判定される恐れがあります。

遅刻控除の実践的な運用方法と成功・失敗事例

「法的要件は理解したが、実際にどう運用すれば安全なのか」という経営者や総務担当者の疑問にお応えして、具体的な運用指針と実際の成功・失敗事例をご紹介します。

■ 適法な遅刻控除制度の設計例

成功例：製造業A社（従業員120名）
従来、遅刻1回につき一律3,000円の控除を行っていましたが、法的リスクを懸念して制度を全面見直し。新制度では以下の2段階方式を採用しました：

第1段階：ノーワーク・ノーペイによる控除
実際の遅刻時間×時間単価（例：30分遅刻 = 1,250円控除）

第2段階：懲戒処分としての減給
月3回以上の遅刻で懲戒減給（法定制限内で平均賃金の1日分×0.3）

この制度変更により、遅刻件数が月平均45件から18件に減少。同時に従業員の納得度も向上し、労務トラブルは完全に解消されました。

失敗例：IT企業B社（従業員80名）
フレックスタイム制を導入していたにもかかわらず、コアタイムへの遅刻に対して一律5,000円の遅刻控除を実施。しかし、フレックスタイム制の趣旨と矛盾する処理として労働基準監督署から指摘を受けました。さらに、高給取りの管理職と若手社員で同額控除していたため、平均賃金の1日分の半額を超えるケースが多発。年間約80万円の追加支払いを余儀なくされました。

■ DXを活用した遅刻管理システムの導入

成功例：建設業C社（従業員150名）
現場作業員の遅刻管理に苦慮していたC社では、DX化によって勤怠管理を完全自動化しました。導入したシステムの特徴：

• ICカードによる打刻システム：客観的な出勤時間の記録
• 自動計算機能：遅刻控除額の自動算出
• アラート機能：法定制限超過の警告表示
• データ分析機能：遅刻傾向の可視化

結果として、給与計算時間の短縮（月20時間→5時間）と計算精度の向上を同時に実現。遅刻の常習者への個別指導も効果的に実施できるようになりました。

■ アウトソースvs内製化の判断基準

アウトソース成功例：小売業D社（従業員100名）
シフト勤務の複雑さと遅刻控除計算の難しさから、給与計算業務を専門業者にアウトソース。以下の効果を実現：

• 法令遵守の徹底（専門家による計算）
• 総務担当者の負荷軽減
• 従業員からの問い合わせ対応の改善
• 年間コスト：内製180万円 → 外注240万円（差額60万円で安心を購入）

内製化成功例：サービス業E社（従業員90名）
顧問社労士との連携により、社内での遅刻控除計算体制を強化。月1回の指導により総務担当者のスキル向上を図り、適法性と効率性を両立させています。

■ 助成金活用による制度改善

働き方改革関連の助成金を活用し、勤怠管理システムの導入や就業規則の整備を行う企業が増加しています。特に「働き方改革推進支援助成金」では、勤怠管理システム導入費用の一部補助が受けられるため、遅刻控除の適正化とDX推進を同時に進められます。

■ 手続きの標準化とマニュアル整備

適法な遅刻控除を継続的に実施するには、担当者が変わっても同じ品質で処理できる手続きの標準化が重要です。以下の要素を含むマニュアル整備が推奨されます：

• 遅刻時間の記録方法と端数処理ルール
• 時間単価の計算方法（基本給、諸手当の取り扱い）
• 懲戒減給の適用基準と上限額の確認手順
• 従業員への説明資料と問い合わせ対応マニュアル

遅刻控除に関するよくある疑問と専門的回答

Q1. パート・アルバイトの遅刻控除は正社員と同じ計算方法でよいですか？

A1. パート・アルバイトも労働基準法の適用を受けるため、基本的な遅刻控除のルールは正社員と同じです。ただし、時給制の場合は計算が比較的単純で「遅刻時間×時給」となります。重要なのは懲戒減給を適用する場合で、平均賃金の算出方法が異なるため注意が必要です。パートの場合、勤務日数が少ないと平均賃金が低くなり、懲戒減給の上限額も低くなります。例えば、時給1,000円で月60時間勤務のパートの場合、1回の懲戒減給上限は約1,000円程度となります。

Q2. 電車遅延などの不可抗力による遅刻でも控除は適法ですか？

A2. 不可抗力による遅刻の場合、遅刻控除の適法性には議論があります。ノーワーク・ノーペイの原則からは控除可能とする見解もありますが、従業員の責任ではない遅刻への懲戒的控除は適切ではありません。多くの企業では、遅延証明書がある場合は控除を行わない、または救済措置（有給休暇の時間単位取得等）を設ける運用をしています。就業規則に不可抗力の場合の取り扱いを明記し、従業員に事前周知することが重要です。顧問社労士と相談の上、バランスの取れた制度設計をお勧めします。

Q3. 在宅勤務者の遅刻控除はどう扱えばよいですか？勤務時間の把握が困難です

A3. 在宅勤務でも労働時間の適切な把握は使用者の義務であり、遅刻控除の前提として客観的な勤務開始時間の記録が必要です。厚生労働省のテレワークガイドラインでは、①PC等のログ記録、②メール送信時間、③Web会議への参加時間などの客観的記録を推奨しています。DX化により、クラウド型の勤怠管理システムを活用すれば、在宅勤務者の勤務時間も正確に把握できます。ただし、在宅勤務の特性を考慮し、通勤時間がない分、柔軟な勤務開始時間を認める企業も多く、制度設計時に十分な検討が必要です。

まとめ

遅刻控除の適切な運用は、企業の労務管理能力を示す重要な指標の一つです。単純な計算に見えて、実は労働基準法の複数の条項が複雑に絡み合う、高度な専門知識を要する分野でもあります。

重要なのは、「適法性の確保」と「従業員の納得性」のバランスです。過度に厳格な遅刻控除は従業員のモチベーション低下を招く一方、甘い処理は組織の規律維持に支障をきたします。法的制限の範囲内で、教育的効果を狙った制度設計が求められます。

また、DX化の進展により、勤怠管理の精度向上と給与計算の自動化が実現しています。人的ミスの排除、法定制限の自動チェック、データ分析による改善提案など、システム導入による効果は計算精度の向上だけにとどまりません。

内製化とアウトソースの選択については、企業規模、業務の複雑性、コスト、リスク許容度等を総合的に判断する必要があります。どちらを選択しても、就業規則の整備と従業員への適切な説明が不可欠です。

HR BrEdge(ｴｲﾁｱｰﾙﾌﾞﾚｯｼﾞ)社会保険労務士法人では、250社の顧問先での豊富な実績をもとに、適法で効果的な遅刻控除制度の構築を全面的にサポートします。現行制度の法的リスク診断から、就業規則の整備、システム導入支援まで、包括的な解決策をご提案します。

「現在の遅刻控除が適法か不安」「従業員とのトラブルを未然に防ぎたい」「勤怠管理のDX化と法令遵守を同時に実現したい」とお考えの経営者・総務担当者の方は、今すぐ無料相談をご利用ください。全国オンライン対応により、迅速かつ専門的なアドバイスをご提供いたします。