従業員100人規模の企業様にとって、三六協定（サブロク協定）の適切な締結・運用は労務管理の重要なテーマです。残業時間の法的上限を定める三六協定は、労働基準法第36条に基づき、時間外労働や休日労働を行う際に必ず締結し、労働基準監督署へ提出する必要があります。
しかしながら、制度の理解不足や手続きの煩雑さ、就業規則への反映不足から、適切な運用が難しいと感じている総務担当者や経営者の方も多いのではないでしょうか。全国対応のHR BrEdge(エイチアールブレッジ)社会保険労務士法人では、三六協定の基礎知識から、給与計算のアウトソースやDXツール活用による効率化、助成金申請に関わる実務的ポイントまで一貫した支援を提供しております。
本記事では、三六協定の基本的な仕組みと注意点、届出方法、さらにトラブルを避けるための具体的な対応策を分かりやすく詳しく解説いたします。

三六協定とは何か？ 基本のポイントと法的意義

三六協定は、正式には「時間外労働・休日労働に関する協定書」と呼び、労働基準法第36条に規定される労使間の書面協定です。
法律で定める労働時間（１日８時間、週40時間）を超えて勤務させる場合は、この協定が締結されなければ違法となり、罰則の対象にもなります。
協定では、時間外労働や休日労働の具体的な上限時間を労働組合または労働者の代表（労使合意が必要）と事業主が定めます。近年の法改正により、原則として時間外労働の上限は「月45時間、年360時間」、特別条項付きの場合でも年間720時間までと厳格化されています。

図解のイメージとして、三六協定は「時間外労働を認める許可証」であり、労働者の健康確保を図りながら、労使が適切な範囲を合意して手続きを行うものです。

総務担当者・経営者が押さえるべき対応と手続きの流れ

■三六協定の締結と届出手順
1. 労働者代表の選出（過半数代表の選出が法的に求められます）
2. 労使協議による時間外・休日労働の上限設定
3. 書面での三六協定の作成
4. 労働基準監督署へ提出（令和3年4月1日以降、電子申請も推奨されています）
5. 就業規則等への反映および社員への周知

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強調すべきは、電子申請やクラウド型給与計算ソフトへの情報連携など、DX（デジタルトランスフォーメーション）を活用したアウトソースによる効率化が現代的な対応策として注目されています。

■給与計算への影響
三六協定で定めた上限時間を超えた残業が発生した場合、給与計算では追加の割増賃金が発生します。正確な勤務時間の集計や計算を行うことが求められるため、アウトソースを活用することでヒューマンエラーを防ぎ、助成金申請などの手続きも円滑に進められます。

トラブルを避けるためのポイントとよくある疑問・Q&A

Q1. 三六協定を締結しない場合のリスクは？

A1. 時間外・休日労働をさせること自体が違法となり、監督署からの指導や罰則、労働者からの未払い残業代請求リスクが高まります。

Q2. 労働者代表はどうやって選出すればよい？

A2. 労働者の過半数で組織される労働組合があれば代表者を指名、ない場合は過半数代表者を民主的な手続きで選出します。形式的選出は認められません。

Q3. 就業規則や給与計算システムで気をつけるべきことは？

A3. 就業規則には協定内容を明記し、変更があれば速やかに労基署へ届出します。給与計算は協定時間を超えた残業の割増賃金計算が正確に反映される仕組みを整えることが必要です。

まとめ：三六協定の正しい理解とDX活用で効果的な労務管理を実現

三六協定は、法令遵守の基本でありながら、給与計算や就業規則の運用、助成金申請など幅広く関わる労務管理の柱となる制度です。
正確な締結と届出、そしてDXを駆使した業務効率化を進めることで労務リスクを抑えつつ、総務担当者と経営者双方の負担軽減を図りましょう。
全国対応のHR BrEdge社会保険労務士法人は、給与計算のアウトソース支援から助成金活用、就業規則の整備まで一貫したサポートを提供いたします。まずはお気軽にご相談ください。