「従業員が休職中でも厚生年金の加入は続く？」「手続きは必要？給与計算や社会保険料の扱いはどうなる？」――そんな疑問や悩みは多くの総務担当者、経営者から寄せられます。
制度の理解不足から、休職期間中の厚生年金手続きや給与計算、就業規則への反映を誤ると、従業員とのトラブルだけでなく、後の社会保険料トラブルや助成金申請ミスにつながりかねません。
この記事では全国対応のHR BrEdge（エイチアールブレッジ）社会保険労務士法人が、従業員の「休職中」と厚生年金の関係を、実務運用を交えわかりやすく解説します。さらに手続き・就業規則・DXを活用した安全な管理・アウトソースのコツもお届けします。

休職中の厚生年金加入はどうなる？制度の仕組みと要点を解説

■休職中の「厚生年金」加入の基本ルール
従業員がけが、病気、介護、メンタルヘルスなどで休職となった場合、「休職中」の社会保険（健康保険・厚生年金）はどう取り扱われるのでしょうか。
原則として、休職であっても雇用契約が継続している限り、厚生年金保険の被保険者資格はそのまま維持されます。休職中の無給・減給でも、資格喪失や脱退手続きは不要です（退職・自然退職等は除く）。

【仕組みの流れ】

• 休職中の給与が「一部支給」「無給」どちらの場合も、社会保険上は原則として在職＝加入状態
• 社会保険料（健康保険・厚生年金）は、給与がゼロでも被保険者資格を喪失しない限り“継続納付”が必要
• 就業規則や社内ルールで「休職中の給与」「社会保険料負担」をどう扱うかを明記していない場合、実務運用で混乱することが多い

■よくある誤解と現場の注意点
・「休職しているなら社会保険（厚生年金）は自動的に外れる」と思い込み、手続きミスや未納リスクが発生しがちです。
・給与計算や給与支給がない場合の「保険料控除」「個人負担徴収」方法も、会社規程に準拠する必要があります。
・休職が長期に及ぶ、または復職意思がなく実態として退職の場合は「資格喪失」になりますが、タイミングや手続きには注意が必要です。

【総務担当者視点のポイント】
・給与支給の有無で社会保険料控除方法（給与天引きor別途徴収）が変わります。
・休職理由ごとに扱いや助成金対象有無が異なるため、社労士や顧問に必ず相談を。

【経営者の視点の要点】
・休職中の人件費＝“見えない固定費”となるため、リスクマネジメント・就業規則の明確化、社会保険料負担の仕組み整備が重要です。
・事業の持続性や早期復職支援、メンタルケアなどのアプローチも不可欠です。

実務で困らない「休職中の厚生年金」対応～手続き・給与計算・規程整備の具体アクション

■実務対応の基本フロー

1. 休職開始時に「就業規則」や「休職通知書」で取扱い（在籍・社会保険継続等）を明示
2. 給与計算：給与支給ありの場合は社会保険料を通常通り控除、給与ゼロの場合は「個人負担分を会社が立替→本人から後日徴収」など給付金制度・社内ルールに基づき運用
3. 社会保険料滞納を発生させないようにするため、社内通知・書面同意・徴収方法（振込や分割等）をあらかじめ取り決めておく
4. 「傷病手当金」等の公的給付や各種助成金の申請も同時進行で進める（申請漏れ防止・従業員フォロー）
5. Googleフォームやクラウド勤怠ツール等により、復職・離職時の自動通知・申告・対応漏れ防止のDX化
6. 長期休職中の「退職扱い」や「資格喪失」のタイミング判断は、必ず社労士顧問と調整してから公的機関へ手続きする

■よくある失敗事例

• 休職中の厚生年金“自動喪失”と思い込みで手続きを忘れ、資格喪失時に未納期間が生じて打撃
• 給与ゼロなのに社会保険料控除ができず、徴収ルール・本人説明不足で従業員トラブル
• 「特定の休職理由で手当・助成金申請が可能」なのにスルーして損失が発生
• 手続きや規程整備がアナログ管理で、DX化・アウトソースへ切り替えできていないため抜け漏れ頻発

■現場成功例・実務改善策

• 就業規則・給与規程に「休職中の社会保険料取り扱い」や手続きフローを明記し、周知
• 給与計算システムと厚生年金管理を連携し、保険料控除を自動でチェック、未徴収自動アラート化
• 傷病手当金・助成金申請フローをGoogleフォーム・チャットツール等によりDX化、従業員・人事部の負担軽減
• 顧問社労士活用で判断が難しい事例も安心・正確な運用が可能に

【総務担当者へのヒント】
・手続きや給与計算ミスを無くすには「就業規則×システム×社労士」の三位一体体制が理想的です。
・運用ルールやDX設定例はHR BrEdgeの社労士へ相談を。

【経営者へのアドバイス】
・働き方改革や従業員確保の面でも「安心して休める」「復職しやすい」環境整備は優秀な人材確保・定着にも効果大です。

休職中の厚生年金・社会保険に関するよくある疑問Q&A

Q1. 給与ゼロ（無給）の場合でも厚生年金保険料はかかるの？
A. はい。雇用契約が継続すれば、たとえ給与が支給されなくても会社・従業員ともに保険料納付義務が発生します。但し、「育児休業」等の場合は事業主申し出による保険料免除制度あり。

Q2. 長期休職で退職扱いにしたら厚生年金資格はどうなる？
A. 退職手続き（資格喪失届）提出後は厚生年金資格も喪失します。休職中は在職のため資格継続。実態に即した手続きが重要です。

Q3. 社会保険料の会社負担・本人負担はどう決めればよい？
A. 会社の規程によりますが、原則“在職中”は会社・従業員が折半。本人支給ゼロ時の対応・徴収方法は就業規則や「特約書」であらかじめ整備・周知しておきましょう。

【総務・経営者 共通アドバイス】
休職中の厚生年金・社会保険料管理は会社リスクも重大。DXやアウトソースと専門社労士活用が“安心・効率”のカギです。

まとめ｜休職中の厚生年金管理は「制度理解と体制構築」が安心経営につながる

休職中の厚生年金は「雇用継続＝加入継続」が原則です。給与ゼロ・手当ゼロ時も、社会保険料の納付・就業規則整備・従業員フォローを怠らず、適切な管理・DX化・アウトソースを組み合わせた運用が重要です。
HR BrEdge社会保険労務士法人は、就業規則や給与計算、手続きからクラウドDXまで「型にはまらない」実務サポートをワンストップで提供します。
まずはお気軽にお問い合わせや無料オンライン相談から、リスクゼロの休職・復職対応へ進めましょう。