「事前申請のない残業は払わなくていい？」「黙認しただけで残業代を払う義務があるの？」「残業をなくしたいが、管理が大変…」――大阪、東京、福岡、名古屋の中小企業の経営者や総務担当者からよく聞く悩みです。

残業の「事前申請」制度は、従業員の労働時間を適切に管理し、無駄な残業を抑えるために導入されることが多い一方、実際には「申請がなければ残業代を払わなくてよい」と誤解されているケースも少なくありません。

しかし、実態として働いていた場合、申請の有無にかかわらず残業代は原則支払う義務があります。この記事では、残業の事前申請制度の法的位置づけ、企業の正しい対応方法、トラブルを防ぐ実践ポイントまでを、社労士の視点から詳しく解説します。

残業の事前申請と法律のリアル

■ 「申請がないから払わない」は通用する？

結論から言えば、「通用しません」。労働基準法第37条では、「使用者の指揮命令下にある時間」は労働時間とみなされ、所定外労働であれば残業代を支払う義務が発生します。たとえ事前に申請がなくても、実際に働いており、上司がそれを黙認していた場合などは、「黙示の指示」と判断されることがあります。

■ 黙認とは何か？

黙認とは、「明示的な指示はしていないが、従業員が残業していることを知っていて、止めなかった」状態を指します。たとえば、オフィスに部下が遅くまで残っていても、注意もせず容認している上司の行動は、「黙示の指示」とされかねません。

■ 裁判事例：事前申請がなくても敗訴

東京地裁のある事例では、従業員が定時後に日常的に仕事をしていたにもかかわらず、企業は「事前申請がなかった」として残業代を支払いませんでした。しかし裁判所は「上司が知っていた以上、企業に支払い義務がある」と判断し、2年分の未払い残業代支払いを命じました。

■ よくある誤解とその背景

• ×「申請がなければ労働時間にカウントしなくていい」→ 実態があれば労働時間。
• ×「就業規則に“申請ない残業は無効”と書けばOK」→ 就業規則より法律が優先。
• ×「内製化して対応できる」→ 実務上は顧問や社労士の確認が不可欠。

■ 総務部の落とし穴：給与計算ミス

事前申請がない残業を記録せず、給与計算から外してしまうケースが散見されます。これは単なるミスではなく、法的には「賃金不払い」に該当する可能性があり、是正勧告や遡及支払いの対象となります。

■ DX・アウトソースとの連携で防げる

ジョブカンなどの勤怠DXツールと給与計算の連携を行えば、実際の打刻データをもとに正確な残業時間を把握し、自動的に給与に反映できます。手続きや確認作業も一括管理でき、内製化では限界のあるリスク回避が可能になります。

企業が実践すべき８つの対応策

1. ① 就業規則に「申請が原則」と「例外対応」を明記
   理由：申請なしの残業でも支払い義務は生じる。
   方法：「例外的な事情がある場合は事後申請可能」など柔軟な規定に。
   効果：実態に沿った制度運用とトラブル回避が両立。
2. ② 勤怠データの把握とアラート設定
   理由：現場任せでは未申請残業が見逃される。
   方法：ジョブカンなどで打刻状況をリアルタイムに可視化。
   効果：残業発生時に即時対応可能に。
3. ③ 総務部と上司の情報連携を徹底
   理由：「総務が知らなかった」では済まない。
   方法：残業報告を上長と総務に同時通知する体制を構築。
   効果：管理の漏れがなくなり、給与計算も正確に。
4. ④ 未申請残業の事後報告制度を整備
   理由：申請がなくても働いている事実は消せない。
   方法：事後報告フォームの導入と月次確認のフロー化。
   効果：抜け漏れ防止と証拠保全が同時に実現。
5. ⑤ 業務量と人員配置の見直し
   理由：慢性的な残業は申請制度で解決しない。
   方法：業務棚卸しとDX導入による効率化支援。
   効果：そもそも残業を発生させない環境づくりへ。
6. ⑥ 労務顧問との定期レビュー
   理由：法改正や裁判例の変化に即時対応するため。
   方法：顧問社労士による年1回の制度見直し・チェック。
   効果：法令違反リスクの最小化。
7. ⑦ 助成金制度と連動した就業管理
   理由：適切な勤怠管理が受給条件となることも。
   方法：キャリアアップ助成金や働き方改革推進助成金に合わせた運用。
   効果：制度導入費用を軽減可能に。
8. ⑧ 経営層の意識改革
   理由：「申請がなければ払わない」という誤認はトップから改善。
   方法：労務研修や外部セミナーへの参加。
   効果：全社的な労務リスク管理が定着。

よくある質問（Q&A）

Q. 事前申請がない残業にも残業代は払う必要がありますか？

A. はい。実態として働いていれば、申請の有無に関係なく支払義務があります。黙認も「使用者の指示」と見なされます。

Q. 事前申請がない残業を禁止したい場合、どうすれば？

A. 事前申請制度は有効ですが、未申請残業があった場合の「事後処理フロー」も必ず整備しておく必要があります。

Q. 残業を抑制するにはどうしたらいいですか？

A. 業務の見直し、勤怠の見える化、DXの活用が有効です。制度面だけでなく、業務量そのものを調整しましょう。

Q. 顧問社労士に相談する意味はありますか？

A. 非常にあります。就業規則の整備や制度導入時の法令確認、助成金活用の提案まで、社労士は企業の労務管理を総合的に支援します。

まとめ

「残業は申請がなければ払わなくていい」という考え方は、もはや通用しません。労務管理において重要なのは、実態に即した記録と、正確な給与計算、そして全社的な法令遵守体制です。

大阪・東京・福岡・名古屋などの中堅企業では、勤怠DXの導入と社労士との連携を進め、残業管理をアウトソースやクラウドでスマート化する流れが進んでいます。今こそ、自社の労務制度を見直す絶好の機会です。