「36協定の提出ってどうやるの？」「紙で出してもいい？」「電子申請は難しそう…」——大阪・東京・福岡・名古屋の企業から、年度初めや新年度の就業規則見直し時期に頻繁に寄せられるのが、36協定（時間外・休日労働に関する協定届）の提出方法に関する疑問です。

導入：36協定提出にまつわる3つの“あるある”

• 「とりあえず提出したが、様式が古かった」
• 「総務が代わりに出していたが、意味をよくわかっていなかった」
• 「電子申請しないとダメになったの？」

36協定は、労働基準法第36条に基づき、労使間で時間外・休日労働に関する取り決めを行い、所轄の労働基準監督署に届け出る手続きです。
この記事では、提出方法・電子申請の手順・書面提出との違い・実務の落とし穴などを、顧問社労士の視点からわかりやすく解説します。

36協定とは？提出が必要な理由

■ 36協定（さぶろくきょうてい）の正式名称：
時間外・休日労働に関する協定届（労働基準法第36条）

■ 提出義務：
従業員に法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超える時間外労働、または法定休日労働を命じる場合は事前に届け出が必要

■ 提出先：
事業所を管轄する労働基準監督署（労基署）。本社と支社がある場合は各所轄署へ

■ 提出期限：
時間外・休日労働を開始する前に届け出ること（遡及不可）

36協定の提出方法：2つのルート

① 書面での提出（持参または郵送）

• 様式：厚生労働省の「様式第9号（令和元年改正版）」を使用
• 署名：使用者と労働者代表の署名・押印が必要
• 部数：2部提出（1部が返却用）。返却用には返信用封筒（切手付き）を添える
• 提出先：所轄の労基署へ直接持参または郵送

② 電子申請（e-Govを使用）

• 事前準備：GビズID取得が必須（無料・約2週間）
• 申請システム：e-Gov電子申請（https://www.e-gov.go.jp/）
• メリット：24時間提出可能、控えも電子で保存できる
• 添付ファイル：PDF化した36協定様式（署名済）をアップロード

※ 2024年度より、電子申請の利用が推奨されており、DX推進企業ではほぼ移行済

36協定提出の実務ポイント8選

• 1. 様式のバージョンに注意
  古い様式（平成時代版）は受付不可。令和元年の改正版を使用
• 2. 締結日と効力発生日の記載ミスが多い
  締結日＝労使で協定した日、効力発生日＝実際の運用開始日。日付ズレに注意
• 3. 特別条項付き協定は「限度時間の記載」が必須
  年720時間・月100時間未満・複数月平均80時間などの条件記載を忘れずに
• 4. 就業規則と整合性をとる
  36協定で時間外労働を定めても、就業規則に労働時間制度がなければ無効リスク
• 5. 労働者代表の選出方法もルール化
  総務部長や経営側の者が選出されると無効になるおそれあり
• 6. 提出しないと法違反！罰則あり
  提出漏れは6か月以下の懲役または30万円以下の罰金に
• 7. 助成金審査でも必須項目
  キャリアアップ助成金などの申請時に「36協定の写し」が求められる
• 8. 顧問社労士と連携すると効率アップ
  提出代行・内容確認・年間スケジュール管理まで依頼可能。大阪の顧問先300社で実績あり

Q&A：36協定の提出に関するよくある疑問

Q. 一度提出すれば更新しなくてもいい？
A. 協定期間が終わるたびに毎年更新・再提出が必要です。多くの企業は4月～翌3月で設定

Q. 支店や事業所ごとに提出が必要？
A. はい。それぞれの労働基準監督署へ提出が必要。本社と支店が別所轄の場合は要注意

Q. 労働者代表が退職した場合は無効？
A. 協定締結時点で有効に選出されていれば有効。ただし次回の更新では新たな選出が必要

Q. 提出しないとどうなる？
A. 時間外労働自体が違法行為となり、是正勧告や労基署調査対象になります

まとめ：36協定の提出は「正しい理解」と「手続きDX」でスムーズに

36協定の提出は、法令遵守と労務管理の出発点。提出そのものだけでなく、内容の妥当性・就業規則との整合性・労働者代表の選出ルールなど、総合的な視点が必要です。

大阪・東京・名古屋・福岡の企業では、給与計算や手続きとあわせて社労士顧問による36協定運用支援・電子申請代行を活用し、リスクと手間の削減に成功しています。

「提出だけして終わり」にならないよう、36協定を“職場ルールの基盤”として機能させましょう。