「従業員が休職になったとき、社会保険料はどうすればいい？」「給与なしでも社会保険料はかかるの？」「会社と本人の負担はどうやって決める？」――このような疑問や不安を持つ総務担当者や経営者の方は少なくありません。
休職中の社会保険料（健康保険・厚生年金保険）は、法律や制度への正しい理解と、会社ごとの就業規則や給与計算体制に沿った適切な対応が不可欠です。一歩間違えると、従業員とのトラブル・未納リスク・助成金申請の不備など、会社経営にも大きな影響が生じてしまうことをご存じでしょうか。
本記事では全国対応のHR BrEdge（エイチアールブレッジ）社会保険労務士法人が、休職中の社会保険料にまつわる実務上のポイント、就業規則や給与計算システムでやるべきこと、DXやアウトソースも交えた見直し策をわかりやすく解説します。

休職中の社会保険料の仕組みと制度～実際は「原則支払い継続」、ただし例外も

■休職中の社会保険料は「原則」どうなる？
結論から言えば、休職中でも雇用契約が継続している限り、会社も本人も社会保険料（健康保険・厚生年金）の支払い義務が続きます。
理由は、社会保険の仕組みが「雇用契約」ベースで成り立っているから。たとえ休職で給与が全く支給されなくても「退職（資格喪失）」扱いにしない限り、基本的に社会保険料は「継続納付」となります。

■具体例：給与ゼロでも社会保険料はかかる？
はい、給与がゼロでも社会保険料はかかります（ただし後述の一部例外を除く）。これは総務担当者の現場で最も多い相談のひとつです。
給与計算時に“給与天引き”できない場合は、会社が一時立て替え、後日まとめて本人から精算するか、「特例を設けて分割徴収」などの運用も可能です。

■例外：育児休業・介護休業・傷病手当金受給は免除または軽減あり
– 育児休業等期間中は、事業主が申出手続きを行えば、社会保険料が会社・本人ともに免除される特例措置があります（※健康保険・厚生年金いずれも）。
– 介護休業も一定期間は免除対象となります。

■助成金や各種給付との関係
休職中の適切な社会保険料管理は、傷病手当金や育児・介護の助成金申請でも重要なポイントです。適切な就業規則・規程改定や確実な手続きが必要です。

■総務担当者目線のポイント
・就業規則や給与規程で「休職中の社会保険料支払い・徴収方法」を明確に規定しているか、必ず見直しを！
・給与計算DXツールやアウトソースを活用して、控除・請求・納付の自動化・抜け漏れ防止する管理体制構築が時短・リスク回避に直結します。

■経営者・管理職目線のポイント
・会社負担分だけでなく、本人負担分の徴収漏れ・精算遅れによるトラブルは、経営リスクにもなり得ます。
・助成金申請を視野に入れ、法改正や運用変更にも柔軟にDX施策＆就業規則改訂を検討しましょう。

実務で困らない休職中の社会保険料対応　―就業規則・給与計算・手続きのベストプラクティス

■現場で押さえるべき実務アクション5ステップ

1. 休職開始時、就業規則の「休職者の社会保険料の取扱い」条文を従業員へ確実に周知
2. 給与支給停止中でも社会保険料が発生する旨、書面・メール・チャットツール等で本人へ個別説明
3. 給与計算システムや管理スプレッドシートで「社会保険料未徴収者リスト」と会社立替額、徴収予定表を自動化・明示化
4. 育児・介護休業など免除対象者への速やかな「申出手続き」と助成金・傷病手当金フロー構築
5. 復職・退職時には残金精算、未納分の取り決め・調整、場合によって顧問社労士と相談して特約書を作成

■よくある現場の失敗例

• 「給与ゼロ＝社会保険料もゼロ」と誤解し、未納状態。追納・トラブル・年金記録エラーに
• 休職期間が長期化し、どこまで立替・分割徴収するか、就業規則不備や社内規程との齟齬でトラブル
• 給与計算ミス、管理台帳記載漏れ、手続き担当者の交代時に抜け漏れが多発
• 助成金・給付金の申請タイミングがバラバラで手続き遅延、従業員に迷惑をかけた

■成功例・現場の改善策

• Googleフォーム・クラウド勤怠連携で休職者情報・納付状況を一覧化、承認・申請フローもDX化
• アウトソースによる社会保険手続き代行で法改正対応・助成金申請もワンストップ化
• 従業員説明動画やFAQコンテンツで、社会保険料の仕組み・徴収流れを“見える化”→トラブル激減

■総務担当者の観点で
・「抜けもれゼロ」「従業員からの問い合わせもすぐ答えられる」よう、社労士顧問やDXツールを味方につけましょう。

■経営陣の観点で
・会社リスク回避・助成金の搭載・未払い紛争の予防など、経営面でも「就業規則×給与計算×社労士」の三位一体で臨むことが重要です。

休職中の社会保険料～Q&Aで疑問をスッキリ解決！

Q1. 無給の休職者でも社会保険料は必ず払うの？
A. 原則はYESです。雇用継続（在籍）が前提のため、給与がゼロでも社会保険料は発生します。会社が立替・本人後納などの運用が実務的には多いです。
Q2. 休職中に社会保険料を払えない場合はどうなる？
A. 会社・本人で協議した分割納付等の特例運用も可能ですが、未納のままでは年金記録上も不利益となるため早めの精算・相談が重要です。どうしても不可の場合は資格喪失・退職を検討します。
Q3. 育児・介護休業中も同じ？
A. 育児・介護休業は会社の申出手続きで「社会保険料免除」の特例が使えます。対象外の休職では通常通りかかるので制度区分に注意しましょう。

【総務・経営者のためのアドバイス】
特に100名以上の中堅規模企業では「制度理解×就業規則×DX」の総合管理が不可欠です。社労士による伴走支援やアウトソースの活用も大変有効です。

まとめ｜休職中の社会保険料は「ルール明確化・DX・専門支援」で安心経営を

休職中の社会保険料は「払い方・持ち方」に工夫が必要です。実態や就業規則に即したルール設定と、給与計算のDX化、社労士サポートでトラブルゼロへ。
HR BrEdge社会保険労務士法人は中堅企業向けの「型にはまらない」実務提案とアウトソースの実績が豊富です。まずはお気軽に、オンライン相談や資料請求をご利用ください。