未払い残業代指摘のリスクは、2025年現在、かつてないほど高まっています。2020年の民法改正による請求権時効の延長や、中小企業に対する月60時間超の割増賃金率引き上げといった法改正が完全に定着し、さらに昨今の急激な賃上げに伴う「残業代単価（基礎賃金）」の上昇が、請求額を押し上げているからです。

「うちは従業員と信頼関係があるから大丈夫」「固定残業代を払っているから問題ない」という経営者の思い込みは、ひとたび外部ユニオンや弁護士が介入すれば容易に崩れ去り、数百万円から数千万円規模の支払い命令へと発展しかねません。

この記事では、2025年の最新動向を踏まえ、未払い残業代を指摘された際の具体的な対応手順から、リスクを未然に防ぐための予防策までを網羅的に解説します。

2025年最新 法改正で変化する未払い残業代の現状

2025年現在、企業を取り巻く労働法制の環境は激変しており、未払い残業代に関するリスク要因は複合的に絡み合っています。特に、過去数年間の法改正が実務運用として定着したことで、請求される金額規模が拡大しているのが特徴です。

時効3年ルールの完全定着と請求額の増大

2020年4月の法改正により、未払い残業代の請求権消滅時効は「2年」から「当面3年」へと延長されました。2025年時点では、この改正の影響が完全に行き渡り、退職した従業員から「過去3年分」の残業代をまとめて請求されるケースが標準化しています。

• 請求期間の拡大: 以前は最大24ヶ月分だったものが、36ヶ月分まで遡及可能となり、単純計算でリスク総額は1.5倍に増加しました。
• 証拠保全の長期化: 企業側には、タイムカードや賃金台帳などの記録を3年間（法律上は当面3年だが、保存義務は5年推奨）適切に管理・保存する体制をより厳格に求められています。

中小企業における割増賃金率50%の影響

2023年4月より、中小企業においても月60時間を超える時間外労働に対する割増賃金率が、従来の25%から50%へと引き上げられました。2025年の現在、長時間労働が常態化している現場では、この割増率の適用漏れが未払い残業代の主要な発生源となっています。

• コストの急増: 月60時間を超える残業代は、実質的に基本給の1.5倍のコストとなります。
• 計算ミスの多発: 60時間以内の25%割増と、超えた部分の50%割増を正確に区分して計算できていない事例が、労基署の調査で頻繁に指摘されています。

賃上げと最低賃金上昇によるダブルパンチ

2024年から2025年にかけての歴史的な賃上げと最低賃金の大幅な引き上げは、残業代計算の基礎となる「1時間あたりの単価（基礎賃金）」を押し上げました。

• 基礎賃金の上昇: 基本給が上がれば、当然ながら残業代単価も上がります。
• 過去の計算式の陳腐化: 過去に設定した固定残業代（みなし残業代）の金額が、ベースアップ後の実際の残業代単価に見合わなくなり、不足額が「未払い」として顕在化するケースが急増しています。

企業が直面する未払い残業代指摘の法的リスクと影響

未払い残業代の問題は、単に「不足分を支払えば終わり」という話ではありません。初期対応を誤り、紛争がこじれた場合、企業は金銭的な損失だけでなく、社会的信用の失墜という回復困難なダメージを負うことになります。

付加金と遅延損害金による金銭的負担

裁判で悪質性が認定された場合、企業は未払い元本に加え、制裁的なペナルティを課される可能性があります。

• 付加金: 裁判所は、未払い金と同額（つまり合計で2倍）の支払いを命じることができます（労働基準法第114条）。数百万の未払いが、一瞬で倍額の負債に変わるリスクがあります。
• 遅延損害金: 在職中は年3%ですが、退職後の賃金未払いに対する遅延損害金は年14.6%という高利率が適用されます（賃金の支払の確保等に関する法律）。争いが長引くほど、利息負担は雪だるま式に膨れ上がります。

労働基準監督署による是正勧告と企業名公表

未払い残業代の通報を受けた労働基準監督署（労基署）は、臨検監督（立ち入り調査）を行います。

• 是正勧告: 法令違反が確認されれば、是正勧告書が交付され、期日までの是正と報告が義務付けられます。
• 送検・公表: 是正に従わない、あるいは虚偽の報告をするなど悪質なケースでは、書類送検され、厚生労働省のウェブサイト等で企業名が公表される可能性があります。これは「ブラック企業」の烙印として、採用活動や取引関係に致命的な悪影響を及ぼします。

未払い残業代発生を未然に防ぐための予防策とステップ

「指摘されてから対応する」のでは遅すぎます。2025年の法規制に対応した、攻めの予防策が必要です。ここでは具体的なステップを解説します。

ステップ1：労働時間管理の「客観化」と「1分単位」の実践

自己申告制による勤怠管理は、もはやリスクの温床です。

• 客観的記録の徹底: ICカードやPCのログオン・ログオフ履歴など、客観的な記録と勤怠打刻の乖離をチェックする体制を構築してください。
• 1分単位の計算: 「15分未満切り捨て」などの処理は違法です。日々の労働時間は1分単位で集計することが原則です（1ヶ月の総労働時間の端数処理については例外あり）。

ステップ2：固定残業代（定額残業代）規定の厳格な見直し

多くの企業で採用されている固定残業代制度ですが、運用がルーズであれば法的に無効と判断されます（国際自動車事件等の最高裁判決）。

• 明確区分性: 基本給と固定残業代が明確に区分されているか。
• 対価性: その手当が実質的に「残業の対価」として機能しているか。
• 差額支払: 設定時間を超えた分について、差額を支払っている実績があるか。

これらが曖昧な場合、固定残業代そのものが「基本給の一部」とみなされ、その金額をベースにさらに割増賃金を計算し直されるという、最悪の事態を招きます。

ステップ3：管理監督者の範囲の再定義

「店長だから」「課長だから」という理由だけで残業代を支払っていない場合、極めて危険です。

• 経営者との一体性: 経営に関する決定に参画しているか。
• 労働時間の裁量: 出退勤の自由があるか。
• 待遇: その地位にふさわしい十分な給与が支払われているか。

これらの要件を満たさない「名ばかり管理職」は、過去に遡って残業代支払いの対象となります。

実際に指摘を受けた際の初期対応と具体的な調査手順

万が一、元従業員の代理人弁護士から内容証明郵便が届いたり、労基署から呼び出しを受けたりした場合、初動を誤ると致命傷になります。

感情的な反論を控え、事実確認を優先する

請求を受けた際、「あいつは仕事をサボっていた」「恩を仇で返された」といった感情的な反発は禁物です。まずは冷静に、相手の主張内容と根拠を確認します。

• 回答期限の確認: 一方的に短い期限が設定されている場合でも、無視せず「調査に時間を要するため〇月〇日までに回答する」旨を連絡し、時間を確保します。
• 資料の保全: タイムカード、就業規則、雇用契約書、賃金台帳など、関連する全資料を即座に確保します。改ざんや隠蔽は絶対に避けてください。

実労働時間と支払い実績の照合調査

相手方の主張する労働時間と、会社側の記録を詳細に照合します。

1. 在社時間と労働時間の区別: タイムカードの打刻時間と実労働時間に乖離がある場合（着替え、休憩、私用など）、それを証明できる客観的な証拠（メール送信履歴、日報、入退館記録など）を収集します。
2. 休憩時間の取得状況: 規定通りの休憩が取れていたか、業務に就いていた事実がないかを確認します。
3. 計算根拠の確認: 相手の計算式（基礎賃金の単価、割増率など）に誤りがないか精査します。

未払い残業代の正確な計算方法と是正支払いの流れ

調査の結果、未払いが確認された場合は、正確な金額を算出し、誠実に支払う必要があります。計算は以下の手順で行います。

1. 基礎賃金（1時間あたりの単価）の算出

残業代計算のベースとなる「時給」を算出します。

• 計算式: （月給 － 除外手当） ÷ 月平均所定労働時間
• 除外手当: 家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当（一律支給を除く）、臨時に支払われた賃金、1ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金（賞与）。これらに該当しない手当（役職手当、資格手当など）はすべて基礎賃金に含める必要があります。

2. 正しい割増率の適用

算出した基礎賃金に対し、時間帯や日数に応じた割増率を乗じます。

• 法定時間外労働: 25%増（月60時間超は50%増）
• 法定休日労働: 35%増（週1日の法定休日への労働）
• 深夜労働（22:00〜5:00）: 25%増（時間外と重なれば合計50%増、休日と重なれば合計60%増）

3. 未払い額の確定と合意

算出した金額を元に、労働者側と交渉し、支払い額を確定させます。合意に至った場合は、必ず「合意書（示談書）」を作成し、清算条項（本件に関し、今後一切の債権債務がないことを確認する条項）を盛り込むことが重要です。

労働基準監督署対応と円滑な解決へ向けた交渉術

労基署の是正勧告に対する対応は、スピードと誠実さが鍵となります。

是正報告書の作成ポイント

是正勧告を受けた場合、指定された期日までに「是正報告書」を提出する必要があります。

• 事実の是正: 未払い賃金の支払いを完了し、その証拠（振込明細の写しなど）を添付します。
• 再発防止策の提示: 単に支払っただけでなく、「なぜ起きたのか」「今後どう防ぐのか（勤怠システムの導入、規則の改定など）」を具体的に記述します。

調査官への対応姿勢

調査官は敵ではありません。法を執行する立場の公務員です。

• 隠さない・嘘をつかない: 虚偽の報告は処罰の対象となります。
• 改善の意思を示す: 「法律を知らなかった」という言い訳は通用しませんが、「直ちに改善し、法令を遵守する体制を作る」という前向きな姿勢を示すことで、指導のトーンが変わることがあります。

再発防止のための勤怠管理・賃金規定の見直しとシステム導入

一度指摘を受けた企業が再び同じ過ちを繰り返さないためには、仕組みの抜本的な改善が不可欠です。

就業規則と実態の不整合を解消する

多くの企業で、創業当時の古い就業規則がそのまま放置されています。

• 始業・終業時刻: 実態と合っているか。
• 手当の定義: 支給実態のない手当や、名称と実態が乖離している手当はないか。
• 承認フロー: 残業の事前申請・承認フローが形骸化していないか、規則に明記し運用を徹底します。

クラウド勤怠システムの導入によるリスク低減

2025年現在、アナログなタイムカードやExcel管理には限界があります。クラウド型の勤怠管理システムを導入することで、以下のメリットが得られます。

• リアルタイム管理: 残業時間が閾値（例えば月45時間）に近づくとアラートを出す機能により、意図しない長時間労働を防げます。
• 法改正への自動対応: 複雑な割増率計算や有給休暇管理などが自動化され、計算ミス（ヒューマンエラー）を根絶できます。

専門家が提唱する未払い残業代問題解決の重要ポイント

最後に、多くの未払い残業代トラブルを解決してきた専門家の視点から、企業が押さえるべき最重要ポイントを整理します。

• 「見なし」の落とし穴を塞ぐ営業職などに適用されがちな「事業場外みなし労働時間制」は、スマホ等で常時連絡が取れる現状では適用が認められにくくなっています。安易な適用を見直し、実労働時間管理へ移行することが安全策です。
• 未払い残業代の「時限爆弾」化を防ぐ未払い分が累積すると、企業の存続に関わる金額になります。定期的な労務監査（リスク診断）を実施し、潜在的な未払い債務がないかチェックする習慣をつけてください。
• 経営者の意識変革こそが最大の防御「働いた分は払う」という当たり前の原則を経営トップがコミットすることが、結果として従業員の信頼を高め、生産性向上につながります。法改正を「コスト増」と捉えるのではなく、「組織体制強化の好機」と捉え直すことが、2025年以降の企業経営には不可欠です。

関連する詳しい情報はこちらのブログ一覧もご参照ください。

まとめ

2025年、未払い残業代への対応は、企業の存続を左右する経営課題となっています。時効延長、割増率アップ、賃金上昇という「リスク増大の3要素」が揃った今、曖昧な労務管理は許されません。

万が一指摘を受けた場合は、感情論を排し、客観的な記録と法律に基づいた冷静な対応を心がけてください。そして何より重要なのは、トラブルが起きる前に、勤怠管理システムの見直しや就業規則の整備といった予防策を講じることです。

正しい知識と誠実な対応こそが、会社と従業員の双方を守る唯一の道です。不安がある場合は、早めに社会保険労務士などの専門家へ相談することをお勧めします。